Sesuai AD/ART Bab IV Pasal 6, Struktur Organisasi Yayasan Ta'mirul Wathon terdiri dari :
1. Dewan Pembina
2. Dewa Pengawas
3. Ketua
4. Sekretaris
5. Bendahara
6. Bidang Pendidikan
7. Bidang Ta'mir Masjid
8. Bidang Nadzir
9. Bidang Sosial
10. Bidang Sarpras